Fortsetzung der populären Jugendbuch-Verfilmung: Thomas und seine Freunde konnten aus dem Labyrinth entfliehen. Sie werden zu einer mysteriösen Einrichtung namens WCKD gebracht, in der sie angeblich in Sicherheit sind.
Doch Thomas ist skeptisch. Er erfährt von einer Widerstandsorganisation, die sich in der Brandwüste niedergelassen hat. Mit seinen Freunden flüchtet er aus dem Komplex und begibt sich auf die Suche.
Gemeinsam mit den Widerstandskämpfern will er sich an WCKD rächen.
