Während des zweiten Weltkrieges gelingt es dem Magier Grigori Rasputin, ein Tor zur Hölle zu öffnen. Bevor die Armeen der Hölle auf die Erde gelangen können, wird das Ritual von einer Gruppe alliierter Soldaten unterbrochen.
Lediglich ein kleiner Dämon, der von den Soldaten Hellboy getauft wird, bleibt auf der Erde zurück. Der Okkultismus-Experte Professor Bruttenholm nimmt Hellboy bei sich auf und wird für ihn zum Vaterersatz.
Viele Jahre später ist Hellboy zu einem riesigen Dämon mit gewaltigen Kräften herangewachsen, der im Auftrag einer Geheimorganisation zusammen mit anderen paranormal begabten Wesen gegen übersinnliche Feinde antritt.
Bei einem seiner Einsätze trifft er auf Rasputin, der von seinen Gehilfen Ilsa und Kroenen wiederbelebt wurde. Der Magier plant, mit Hellboys Hilfe das Ritual zur Öffnung des Höllenportals zu vollenden und so die Apokalypse auf der Erde herbeizuführen...
